Fuat Sezgin’in 1961’de Frankfurt’a gelmesiyle kendisi için yeni ve zor bir hayat devresi başlamıştı. Çünkü bir misafir hoca idi. Hem hayatını kazanmak hem de İslâmi bilimler tarihi üzerindeki kitabını yazmaya başlamak ve devam etmek mecburiyetleri ve zorlukları ile karşı karşıya idi.

Ama bütün bunların üstünde ona cesaret ve güven veren Allah’ın daima kendisiyle beraber olacağına karşı derin ve sonsuz imanıydı. Cenab-ı Hakk’ın kendisi hakkındaki özel bir lütfunu da şöyle ifade ediyor: “Hayatımın oldukça huzursuz ve zor olduğu bu safhasında bir saadetle karşılaştım. O da bugüne kadar benim çetin ve güzel anlarımda benimle daima beraber olan, bana cesaret, umut veren, sabır tavsiye eden, Allah’ın daima benimle beraber olduğu inancımı hatırlatan, kitabımın birinci cildinden bugüne kadar beni bütün gücüyle destekleyen, sonradan İslâmî ilimler üzerine doktora yapan eşim Ursula’yı tanıyabilmekti.” 1965’te Tabii Bilimler tarihi alanında doçent ve 1966’dan itibaren profesör olarak 1991 yılına kadar Sezgin Hoca, bu konuda ders verdi. Almanya’ya gelişinin dördüncü ayında İslamî Bilimler Tarihi kitabını yazmaya başladı. Bu kitapta 8. üsırdan 15. asra kadar bu dönemde yaşamış İslâm âlimlerinin ilimlere yaptıkları hizmetler sergilenmektedir. Prof. Dr. Fuat Sezgin Hocamız, o zamanların tekniğiyle ortaya konulan ve geliştirilen, çeşitli sebeplerle günümüze kadar ulaşamayan âletlerin Arapça ve Farsça eserlere veya onların Latince tercümelerine dayanarak aynen bir benzerini yaptırmıştır. 1966’da Frankfurt J.W. Goethe Üniversitesi’nden profesörlük unvanını alan Fuat Sezgin Hocamız, 1982 yılında aynı üniversiteye bağlı, finansmanı bir vakıf tarafından karşılanan Arap-İslami Bilimler Tarihi Enstitüsü’nü kurdu. Prof. Sezgin Hoca o günden bugüne kadar bu enstitünün fahrî başkanlığını yapıyor. 1967 yılından itibaren çıkmaya başlayan İslamî Bilimler Tarihi’nin on iki cildinin yanında, bu enstitüde yardımcılarıyla birlikte ayrıca 1200 cilt civarında İslamî ilimlere dair kitaplar neşretti. Sezgin Hocamız bu enstitünün kuruluş sebebini de şöyle izah ediyor: “Bazı Avrupalı bilginler, bilhassa dört büyük Fransız bilgini 19. yüzyılın ilk yarısında Müslümanların, bilimler tarihinde çok büyük yerlerinin olduğunu, Avrupa’yı büyük çapta tesirlerinde bıraktıklarını araştırmları ile göstermeye ve savunmaya başladılar. Onlara zamanla birçok Alman bilgini katıldı. Bu iş, Avrupa’nın hemen hemen her tarafından katılan bilginlerin çalışmaları ile gittikçe ilerledi. Bugünkü Müslümanlar, eğer bilimler tarihinde yerleri olduklarını biliyorlarsa, bunu genelde Batılıların çalışmalarına borçludurlar. Şu kadar var ki, bu araştırma neticeleri Avrupa’da 18. yüzyıldan beri genel bilimler tarihinde yerleşen yanlış değerlendirmelerin, hükümlerin değişmesi hususunda fazla tesirli olmadı. Bu neticeler, İslâm dünyasında, bu arada Türkiye’de hemen hemen tanınmadılar. Müslümanlar bilhassa Türkler kendi medeniyetlerine, Avrupa ders kitaplarının gözlüğü ile bakıyorlar. Bu eskimiş gözlük, onların büyük bir kısmını aşağılık duygusuna düşmeye zorluyor. İslâmî Bilimler Tarihi’nin geniş bir düzeyde araştırılmasını sağlamak, bu araştırmalara modern İslâm dünyasının objektif katkısına yol açmak duygusu beni bu enstitüyü kurmaya sevk etti. 1978 yılında Kral Faysal Ödülü’nün bana verilen İslâmî Bilimler ilk ödülü olması sebebiyle, birçok Arap devlet adamını tanıma şansına sâhip oldum. Frankfurt’a döndükten sonra bir enstitünün finansmanını sağlayacak bir vakıf kurmayı tasarladım.” Enstitünün 1200 cildi aşan yayınlarının tam olarak Türkiye’de iki nüshası bulunuyor. Biri İstanbul’da Süleymaniye Kütüphanesi’nde, diğeri yine İstanbul’da Diyanet Vakfı’nda.